中华人民共和国厦门海事局是经国务院批准于1999年11月成立的，前身是1987年12月组建的福建省厦门海上安全监督局。

厦门海事局为副厅级建制，代管漳州海事局，分支机构3个（东渡海事处、海沧海事处、鹭江海事处），派出机构3个（同安海事处、执法支队、东山海事处），下属机构3个（船舶交通管理中心、通信信息中心、服务中心），办事处1个（五缘湾办事处）。

厦门海事局机关内设13个职能处室（指挥中心、监管一处、监管二处、监管三处、督察处、办公室、人事教育处、财务处、装备信息处、党群工作部、机关党委、纪检监察处、工会），内设机构的办事机构1个（政务中心）。

厦门海事局设置厦门市海上搜救中心总值班室，履行厦门市海上搜救中心的日常工作。

厦门海事局辖区机构设置：

中华人民共和国漳州海事局

地址：漳州市招商局漳州开发区招商大道77号       电话：0596－6856830

中华人民共和国厦门东渡海事处

地址：湖里区长岸路59号厦门港联检报关中心一楼   电话：0592－5756440

中华人民共和国厦门海沧海事处

地址：厦门港海沧联检报关中心二楼               电话：0592－6893006

中华人民共和国厦门鹭江海事处

地址：厦门市东港路2号国际邮轮中心              电话：0592－2077838

中华人民共和国厦门同安海事处

地址：厦门市翔安区新店镇洪琳南路1001号         电话：0592－7083567

中华人民共和国厦门海事局执法支队

地址：厦门思明区西堤路685号公务码头三楼        电话：0592－2389561

中华人民共和国厦门五缘湾办事处

地址：厦门市五缘湾商业街C区1号楼一楼           电话：0592－5713105